在國(guó)際物流的復(fù)雜體系中，盡管集裝箱海運(yùn)是主流運(yùn)輸方式之一，適用于眾多貨物類型，但仍存在特定品類的貨物因自身特性而不適宜采用此種運(yùn)輸模式。
    鮮活貨物，諸如活魚(yú)、蝦類、螃蟹以及各類蔬菜、水果等生鮮產(chǎn)品。由于國(guó)際海運(yùn)的運(yùn)輸周期相對(duì)漫長(zhǎng)，在長(zhǎng)時(shí)間的運(yùn)輸航程里，這些鮮活貨物難以持續(xù)維持其新鮮度與活性狀態(tài)。在封閉的集裝箱環(huán)境中，因缺乏及時(shí)的補(bǔ)給與適宜的環(huán)境調(diào)控，極易出現(xiàn)變質(zhì)、死亡現(xiàn)象，無(wú)法契合其對(duì)運(yùn)輸時(shí)效性的嚴(yán)苛需求，故而不適合選用集裝箱海運(yùn)方式。
    超重貨物亦面臨運(yùn)輸困境。每個(gè)集裝箱均設(shè)定有明確的最大承重界限，一旦貨物單重或總重超出此限定范圍，便無(wú)法借助集裝箱進(jìn)行海運(yùn)操作。例如部分大型機(jī)械裝備或超大型設(shè)備部件，其單件重量可能高達(dá)數(shù)十噸乃至上百噸，這遠(yuǎn)遠(yuǎn)超越了普通海運(yùn)集裝箱的承載閾值。若強(qiáng)行將超重貨物裝入集裝箱，極有可能引發(fā)箱體結(jié)構(gòu)變形，諸如底板脫落、頂梁彎折等嚴(yán)重?fù)p壞情形，這不僅會(huì)致使貨物遭受損毀，更會(huì)對(duì)整個(gè)運(yùn)輸過(guò)程的安全性構(gòu)成嚴(yán)重威脅。
    超大尺寸貨物同樣被排除在集裝箱海運(yùn)范疇之外。對(duì)于那些超高、超寬的大型配件或特殊構(gòu)造貨物，其物理尺寸已超出集裝箱內(nèi)部空間的容納極限，根本無(wú)法裝入集裝箱內(nèi)部，只能借助散貨船，將其放置于船艙或甲板之上進(jìn)行運(yùn)輸。
    軍事用品在集裝箱運(yùn)輸方面存在特殊規(guī)定。通常情況下，集裝箱并不承接軍事運(yùn)輸業(yè)務(wù)。若部隊(duì)或軍工企業(yè)有集裝箱海運(yùn)需求，則需按照商業(yè)運(yùn)輸流程辦理相關(guān)手續(xù)。并且，軍事運(yùn)輸若采用自備集裝箱，亦不再遵循常規(guī)集裝箱運(yùn)輸條件進(jìn)行操作。
    對(duì)運(yùn)輸環(huán)境與時(shí)效要求近乎苛刻的特殊試驗(yàn)品，如血液樣本、細(xì)胞組織、病毒病菌等，這類試驗(yàn)品對(duì)運(yùn)輸途中的溫度、濕度、穩(wěn)定性等環(huán)境條件以及運(yùn)輸時(shí)效均有著極為精準(zhǔn)且嚴(yán)格的限定。而集裝箱海運(yùn)在環(huán)境調(diào)控的精準(zhǔn)度與運(yùn)輸速度方面難以達(dá)到這些特殊要求，因此不適宜運(yùn)用集裝箱開(kāi)展運(yùn)輸作業(yè)。
    部分危險(xiǎn)貨物亦受限制。盡管某些危險(xiǎn)貨物在滿足特定條件與嚴(yán)格要求時(shí)，可借助雜貨集裝箱、框架集裝箱、冷藏集裝箱等進(jìn)行運(yùn)輸，但諸如 5.2 類有機(jī)過(guò)氧化物、4.1 自反應(yīng)物質(zhì)、自聚合物質(zhì)以及具有自發(fā)熱特性的危險(xiǎn)品，嚴(yán)禁使用 “冷代干” 集裝箱運(yùn)輸。此外，對(duì)于那些未獲得船公司、港口等相關(guān)管理部門(mén)許可運(yùn)輸?shù)奈ｋU(xiǎn)貨物，同樣不能裝入普通海運(yùn)集裝箱進(jìn)行運(yùn)輸，以確保運(yùn)輸過(guò)程的安全性與合規(guī)性。